Laboratórium mikroskopie sa svojou náplňou zameriava na mikroštruktúrnu analýzu polymérov, polymérnych materiálov a kompozitov. Dostupné metodiky umožňujú meranie mikro- a submikroreliéfu povrchov, objektov mikro- a nanometrových rozsahov s vysokým rozlíšením, slúžia na vyšetrovanie modulov pružnosti v ťahu elastomérnych zmesí s rôznymi plnivami, termoplastov, na hodnotenie makroštruktúry, hodnotenie mikročistoty a mikroštruktúry, určenie jednotlivých fáz rôznych typov kovových a nekovových materiálov, umožňujú merať hrúbku vrstvy nanesenú na povrchu materiálu, určovanie veľkosti zŕn podľa príslušných noriem pre rôzne druhy materiálov, určovanie percentuálneho obsahu fáz v mikroštruktúre. Súčasťou laboratória je aj úprava vzoriek na rezanie, lisovanie, brúsenie a leštenie polymérnych materiálov, kovov a kompozitov. Laboratórium je vybavené:
- Termoemisný rastrovací elektrónový mikroskop VEGA 3; TESCAN s EDX analyzátorom x-act; Oxford Instruments
- Dvojkotúčová brúska a leštička Labopol 25; Struers
- Rozbrusovacia píla Accutom 100; Struers
- Elektro-hydraulický metalografický lis Citopress 20; Struers
 svetelným metalografickým mikroskopom DMI 5000 s programovým vybavením LAS 3.8 na prenose dát z mikroskopu do počítača
 svetelnými mikroskopmi Jenavert, mikroskopom Neophot 21 a stereolupou
Na úpravu vzoriek sa používa:
 píla Mikron 3000/150
 zalisovačka Standard 30
 automatická brúska a leštička Mecotech 234
Priradenie laboratória k prioritným oblastiam z pohľadu dostupných vedeckých a výskumných kapacít (špecializácie RIS3 SK):
- materiálový výskum a nanotechnológie
- výroba a spracovanie polymérov a progresívnych chemických substancií
- nové materiály, ich komponenty, polymérne kompozity a ich využitie v praxi
- využívanie recyklovateľnosti a biodegradovateľných plastov